苹果盆景的砧木可分为矮化砧木和乔化砧木两大类。矮化砧木亦有极矮化、矮化、半矮化等类型，如，现在应用较多、适应性、亲和性较强、矮化性能较好的SH3、SH6、SH38、SH40、SL系列，以及M7、M9、M26、MM106等东茂林系列。乔化砧木也有很多类群，如，河北怀来的八棱海棠、河南海棠、湖北海棠、新疆海棠、山定子等。

在苹果盆景生产过程中，使用矮化砧木可以使盆树树体相对矮小并提早开始结果的年限，缩短盆树养护周期，提早上市销售时间，降低养护成本，加快资金周转，提高盆景生产企业的经济效益，具有十分重要的意义。

苹果盆景的乔化砧木类型也很多，选用不同类型的砧木，即使嫁接同一品种，其生长和结实的表现也不大一样。同一砧木嫁接不同的苹果品种，也表现各异。如树体的大小、生长的强弱、结果性能、结果的年限、抗病性等都各有不同的表现。乔化砧木的果树进入盛果期的时间比矮化砧木要晚，但乔化砧木的寿命比较长。乔砧苹果盆景，在盆中生长结果20年以上，仍然老当益壮、风华正茂、生机盎然。